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La mise en oeuvre de l’IPR consiste globalement à mesurer l’écart entre la composition du peuplement sur une station donnée, observée à partir d’un échantillonnage par pêche électrique, et la
composition du peuplement attendue en situation de référence, c’est-à-dire dans des conditions pas ou très peu modifiées par l’homme.
La mise au point de l’IPR s’inspire d’outils multiparamètriques (IBI: Index of Biotic Integrity) développés initialement aux Etats Unis. Ces indices consistent à évaluer le niveau d’altération
des peuplements de poissons à partir de différentes caractéristiques des peuplements (ou métriques) sensibles à l’intensité des perturbations anthropiques et qui rendent compte notamment de la
composition taxonomique, de la structure trophique et de l’abondance des espèces.
La version normalisée de l’IPR prend en compte 7 métriques différentes. Le score associé à chaque métrique est fonction de l’importance de l’écart entre le résultat de l’échantillonnage et la
valeur de la métrique attendue en situation de référence. Cet écart (appelé déviation) est évalué non pas de manière brute mais en terme probabiliste c’est-à-dire qu’il est d’autant plus
important que la probabilité d’occurrence de la valeur observée pour la métrique considérée
est faible en situation de référence. Ces probabilités sont déterminées sur la base de modèles qui définissent, en conditions de référence, les valeurs de chaque métrique en tout point du réseau
hydrographique français.
Les modèles de références ont été établis à partir d’un jeu de 650 stations pas ou faiblement impactées par les activités humaines et réparties sur l’ensemble du territoire métropolitain.
La valeur de l’IPR correspond à la somme des scores obtenus par les 7 métriques. Sa valeur est de 0 lorsque le peuplement évalué est en tous points conforme au peuplement attendu en situation de
référence. Elle devient d’autant plus élevée que les caractéristiques du peuplement échantillonné s’éloignent de celles du peuplement de référence.